La política mineroenergética del gobierno de Santos ha venido desatando fuertes resistencias de la población por las prácticas agresivas de las multinacionales contra el ambiente y particularmente contra los nacimientos de agua, humedales y bosques nativos. 

Varios de estos conflictos son de resonancia nacional, el intento de desviar el Rio Rancheria y el caño Bruno en La Guajira; la explotación a cielo abierto de La Colosa y sus consecuencias en todo el sistema hídrico de esa región; el intento de hacer minería en los Páramos de Santurbán, Pisba, Sumapaz, entre otros; la aprobación de hacer Fracking en los alrededores de la ciénaga de Palagua en Puerto Boyacá; entre otros. Ahora se ha desatado un conflicto similar en el departamento de Caquetá, donde hay una cerrada oposición que incluye alcaldes, concejales, diputados y ciudadanía en general contra la explotación petrolera en zonas de interés forestal e importantes cuencas hídricas, vitales para las poblaciones de los municipios de El Doncello, El Paujil y Valparaiso.